در حالی که بردارش حمید باکری به درجه رفیع شهادت نایل آمد، شهید مهدی باکری نامه‌ای که برای خانواده‌اش می‌نویسد، چنین می‌گوید، من به وصیت و آرزوی حمید که باز کردن راه کربلاست همچنان در جبهه می‌مانم و راه شهید را ادامه می‌دهم تا که اسلام پیروز شود.

با شهادت حمید همه در پی این بودند که پیکر او را به عقب بیاورند. این موضوع را به مهدی گفتند. مهدی با بی‌سیم پرسیده بود،حمید را به همراه دیگر شهدا می‌آورید. مرتضی یاغچیان گفته بود که خودتان می‌دانید آقا مهدی که زیر این آتش شدید نمی‌توانیم بیش از یک شهید به عقب منتقل کنیم، مهدی گفته بود، هیچ فرقی بین حمید و دیگران نیست. اگر دیگر شهدا را نمی‌شود به عقب بیاورید، پس حمید هم پیش دوستان شهیدش باشد بهتر است.

بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست، 15روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شده و از امام رضا (ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهادت را نصیبش کند، سپس خدمت حضرت امام خمینی (ره) و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رسید و از ایشان درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند.

این فرمانده دلاور 25 بهمن سال 63 در عملیات بدر به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول به خطرناک‌ترین صحنه‌های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می‌کرد، تلاش می‌کرد تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتک‌های دشمن تثبیت کند که در نبردی دلیرانه و براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل شد.

مهدی در آن‌ سوی دجله این میعادگاه دلدادگان به تیر خصم به خاک افتاد، جنازه‌اش را با قایق انتقال می‌دهند ولی پیکرش به تبعیت از پیکر صدپاره مولایش دگر بار با شعله شرری صد پاره شد، خاکسترش آرام، آرام در میان آب فرو می‌رود و چون گویی از چشم ناپدید شده و به آسمان که به پیشوازش آمده‌اند پر می‌کشد، بوی بهشت می‌وزد.

مهدی باکری در مقابل نعمات الهی خود را شرمنده می‌دانست و تنها به لطف و کرم خداوند تبارک و تعالی امیدوار بود. در وصیتنامه‌اش اشاره کرده است که چه کنم که تهی‌دستم، خدایا قبولم کن.شهید محلاتی از بین تمام خصلت‌های والای شهید به معرفت او اشاره می‌کند و در مراسم شهادت ایشان، راز و نیاز عاشقانه وی را با معبود بیان می‌کند و از زبان شهید می‌گوید، خدایا تو چقدر دوست‌ داشتنی و پرستیدنی هستی، هیهات که نفهمیدم. خون باید می‌شدی و در رگ‌هایم جریان می‌یافتی تا همه سلول‌هایم هم یارب یارب می‌گفت.این بیان عارفانه بیانگر روح بلند و سرشار از خلوص آن شهید والامقام است که تنها در سایه خودسازی و سیر و سلوک معنوی به آن دست یافته بود.